张鹏翮谨遵康熙皇帝谕旨，上任后首先视察黄河入海口。他刚过云梯关，就见拦黄坝巍然如山，中间一线，涓涓细流。下流不畅，无怪乎上流之溃决，使他深感皇帝命拆除拦黄坝确实有理。随即在四月二十一日动工，将拦黄坝尽行拆去，挑挖深通，全与黄河八十三丈之水面相符；急堵马家港(引河),使水势不致旁泄，尽由正河而行，至五月初九完工开放，水势畅流，冲刷淤沙，旬日之间，深至三丈，宽及百丈有余，滔滔入海。康熙皇帝批准张鹏翮的奏请，赐名“大通口”,并满意地告诉大学士等人河工大有希望。
随后，张鹏翮按康熙皇帝指授方略，对其他几项工程次第兴工。康熙皇帝充分肯定了张鹏翮的工作，认为他遇事精勤，从此久任河务，必能有益；谕令户部、工部、内阁等，对张鹏翮经办的各项治河工程，保证供应，所需船只水手、什物银两等，及时拨给，满足所请，不得有误。在康熙皇帝的大力支持下，康熙至四十年十二月(1701年1月),各工程先后完成，张鹏翮上疏告捷：“治河事宜，蒙皇上指授。疏通海口，水有归路，黄河刷深，坚筑高家堰，广辟诸口，得以引灌畅流；筑归仁堤，导泗州(安徽泗县)上源之水入于河，疏人字、芒稻等河，引运河之水注长江；筑挑水坝、疏陶庄引河(改修清口、导黄而北),通黄水而畅清流，使永无倒灌之患；挑虾须等河，引下河积水入于海。其余各处工程，指授周悉。但河工刚完成，保固为要，恭请圣驾于来春二月桃汛未发之前，亲临河工指授。”此外，他还改造中河，并多次挑挖引河，浚直黄河河道，排除险工，使水畅流。康熙皇帝认为，这些工程虽然完成，但是否坚固尚待考验，来年经过水汛之后，方可验其成功。而且，他还指出，高家堰仍令人担忧，因烂泥浅一带出水不畅，并且洪泽湖水位上涨，据说比二十三年高有数尺。这不仅威胁下流高家堰大堤，而且极易使上流泗州、盱眙遭灾。